Tras una serie de ataques que han dejado a profesores y estudiantes despojados de su magia, la directora Liza Quillyn decide cerrar el colegio, haciendo imposible entrar o salir de las instalaciones. Como resultado, Philomela Sargant no puede cumplir con la orden de su abuela Lizbeth de retirarse de la escuela.Atrapados dentro de la universidad, Chise Hatori y sus compañeros comienzan a adaptarse a sus circunstancias novedosas y estresantes. Pero a medida que pasa el tiempo, la condición de Philomela solo empeora, tanto mental como físicamente. Mientras tanto, siguen resurgiendo detalles sobre el trágico pasado de la compañera de cuarto de Chise, Lucy Webster. Mientras Chise lidia con las preocupaciones sobre sus amigos y con su yo en evolución, la identidad del misterioso culpable del drenaje de magia que asola la universidad finalmente puede salir a la luz.